Majora's Mask é o sexto jogo da série, e continua a história após o antecessor do N64, The Legend of Zelda: Ocarina of Time. O jogo diferencia-se do resto da série por não se passar em Hyrule e não ser centrado na Triforce e na Princesa Zelda. A história se desenrola em Termina, uma espécie de "mundo paralelo", em que o protagonista Link deve tentar impedir que a lua colida com o planeta, provocando o apocalipse, após ser tirada da sua órbita pelo mascarado Skull Kid.
A jogabilidade transcorre por três dias em que a lua vai desabando, com o uso de viagem no tempo para "reviver" os dias e máscaras de transformação. Majora's Mask é um dos poucos jogos de Nintendo 64 que necessitam do acessório Expansion Pak para funcionar.
Em novembro de 2014, a Nintendo anunciou o relançamento do jogo para o console portátil Nintendo 3DS, previsto para a primavera de 2015. Nesta plataforma, o jogo, totalmente remasterizado, contará com a experiência 3D oferecida pelo console